例えば日本政策金融公庫などから融資を受けられる場合、ご担当者の方から「司法書士に依頼して（根）抵当権の設定登記をしてください」と言われると思います。

日本政策金融公庫に限らず、金融機関は、不動産を担保にとって融資をする場合、必ず（根）抵当権の設定登記をしますが、この登記をどこの司法書士に依頼するかは、ご自分で決めることができるのが原則です。
（逆に、ご自分で決めなければ、金融機関側が指定する司法書士が担当することになるでしょう。）

当事務所では、そのような登記費用のお見積もりにも対応していますので、お気軽にご相談ください。